功能性腹痛綜合征是功能性疾病，可以治愈，主要在于患者調節心情。在調節心情后，根據癥狀的輕重，使用一些止痛藥物減少腹痛發生。 若藥物治療效果欠佳，可根據腸道菌群的一些異常或失衡，進行腸道益生菌的移植，效果較好。不僅需調節患者腸道菌群，還需調節患者大腦的緊張因素，因為較多功能性腹痛患者處于高敏狀態，情緒多為焦慮和抑郁，所以調節心情是較重要的治療環節。