兩邊太陽穴疼痛的原因，具體如下：1、原發性頭痛：如偏頭痛、緊張性頭痛，均是無特定器質性病變的疼痛，特點是病史可能很長、間斷出現，發作一次持續幾天，有些人睡一覺第二天可以自愈，是良性特發性頭痛；2、繼發性頭疼：可以繼發于全身系統性疾病，也可以繼發于顱內外的器質性疾病，兩側的太陽穴頭疼，比如發燒、高血壓病、各種代謝中毒性腦病、顳動脈炎、腦部穿透傷、硬膜下血腫，顱內器質性病變，比如腦炎、腦膜炎、蛛網膜下腔出血、靜脈竇的血栓形成、腫瘤等都可以引起頭痛。