兩邊太陽穴脹痛的原因較多，常見原因如下：1、原發性頭痛：即沒有顱內外器質性疾病的頭痛，找不到病因，通常是指偏頭痛或者緊張性頭痛。偏頭痛可以在兩側太陽穴同時出現，病史較長，可能幾年，甚至十幾年、幾十年，頭痛間斷出現，幾個月出現1次或者是1個月出現1次，發作1次之后不治療，可能休息一晚會自動緩解，稱為良性特發性頭痛；2、繼發性頭痛：繼發于顱內外器質性疾病的頭痛，比如高血壓病、發燒、各種代謝中毒性腦病、顱內腫瘤、腦炎、腦膜炎、腦出血、蛛網膜下腔出血、頭部外傷、硬膜下血腫、靜脈竇血栓形成等，都可以引起頭痛。