扁平疣的治療方法很多，首先要明確患者扁平疣是新發還是陳舊性，臨床會采取不同的治療辦法。如果是新發的扁平疣，一般建議做疣體包埋術，即切一個新鮮扁平疣埋在皮下讓它產生抗體，從而治療其它扁平疣，這是治療新發扁平疣較好的方法。 如果是持續了很多年的陳舊性扁平疣，表面為褐色甚至發黑，做疣體包埋術無效，可以選擇冷凍治療、激光治療或外用藥物治療，通過這三種方法直接祛除扁平疣。但是這三個方法有可能遺留淺瘢痕，比如激光治療后會結痂脫痂，在治療過程當中如果護理不當誘發感染，可能會遺留瘢痕。所以進行冷凍治療、激光治療時，后期護理很嚴格。