神經系統免疫疾病種類相對較多，常見中樞多發性硬化、視神經脊髓炎、神經根性的格林-巴利綜合征，以及周圍性累及肌肉的多發性肌炎。根據受累部位，神經免疫系統疾病早期癥狀有所不同，可出現眼睛一側或兩側視力下降，也可出現偏側癱瘓或單癱，一只手或一側下肢無力。另外也可出現截癱，即兩個胳膊兩條腿都出現不同程度癱瘓。再一個就是感覺異常，出現一側手臂感覺過敏或感覺過度，疼痛、麻木，與一般腦梗造成的感覺缺失有所不同，主要是刺痛、燒灼樣疼痛或蟻爬感。另外也可出現共濟失調，走路不穩。除神經系統癥狀外，患者通常合并發熱、皮疹、關節疼痛等自身免疫性疾病癥狀。