根管治療過程中咬合痛的原因如下：1、根管治療的過程中治療器械會超出根尖，損傷到根尖周的組織，會造成組織水腫，根管預備后經常會出現疼痛，這也是要跟患者交代的。這種情況一般屬于正常的過程，基本上2-3天后這種癥狀會慢慢消除；2、根管預備時將根管內的壞死組織，還有細菌推出了根尖孔造成了根尖的急性炎癥；3、根管消毒中藥物滲出根尖孔，造成化學性根尖周炎；4、處理牙髓的過程中根尖出血；5、若有感染的根管需要找到被遺漏的根管，然后再做根管充填治療；6、根管充填不到位，這種情況需要再重新做根管治療。