根管預備或充填后，多數患者會出現不同程度的不適或疼痛，有的會有發脹的感覺，根管治療打破了細菌和宿主防御機制之間的平衡。一般在宿主抵抗力較好的情況下短時間就會消失，少數患者會出現自發痛、咬合痛，局部腫脹等癥狀。主要以急性牙髓炎、急性根尖周炎的形式表現出來，需要應急處理。引起這些癥狀的原因有感染因素，常見的根管治療操作中容易引起枕肩痛的原因有根尖殘屑推出，根管清理不徹底導致牙髓和感染物殘留以及根管再感染。其次是理化因素主要是醫源性的刺激，根管的超預備和超充填可以對根尖周組織造成機械性刺激，而超充的根管內的化學成分也可以對根尖周組織造成化學刺激，這些因素都可以引起治療中或治療后的不適、疼痛以及腫脹。