益生菌是人腸道內存在的一組對人身體有益的細菌，所以益生菌對人身體沒有危害，它是一種安全的補充品，無論是作為藥物還是食物當中的添加物來進行攝入，對人體目前都沒有發現有害的因素。益生菌在臨床上通常用于治療一些各種原因導致的菌群失調，比如患者長時間應用廣譜抗生素，這樣會導致腸道內菌群失調，嚴重的可以導致腹瀉，甚至是下消化道出血，比如難辨梭狀芽孢桿菌引起的偽膜性腸炎。另外，益生菌對于功能性消化不良、功能性便秘、各種原因引起的腹瀉都有輔助治療作用。益生菌還有一些目前尚不十分明確的作用，但是目前了解的作用是益生菌對人體有益，目前沒有發現益生菌對人身體有害的證據。