灰指甲對身體有危害，會造成指甲顏色、外形改變，影響美觀。腳趾畸形可能會引起走路發生疼痛，從而影響日常生活。灰指甲長期不愈，可作為身體內部真菌儲藏庫，既而導致足癬反復發作，無法徹底根治。同時，指甲中的真菌可以自身傳染，引起足癬、股癬、體癬、手癬，甚至影響手指甲。除自身傳染外，還可以通過共用個人用品引發人體之間相互傳染。此外，灰指甲導致足癬，可能會引起皮膚破損，造成繼發性細菌感染，影響正常工作和生活。