根管治療的各個環節常常要面臨各種復雜的臨床情況，有時會因患者患牙以及術者原因發生操作中的問題，甚至導致并發癥的出現。因此在臨床操作中首要的是如何預防和避免操作問題和并發癥的發生，一旦出現異常情況應能夠及時準確的識別問題，并正確分析產生問題的原因，進而找到恰當的處理策略，爭取獲得最佳的善后效果，臨床上常見的并發癥有： 1、急性炎癥反應：在根管治療術中或充填術后少數患者會出現局部腫脹、咬合痛、自發痛等癥狀，有文獻報道發生率在10%左右，其原因是未能正確確定根管的工作長度，使得在進行根管預備時將根管內的感染物質推出根尖孔造成； 2、器械分離于根管內：根管內器械分離是造成根管阻塞的常見原因之一，據報道器械分離的發生率在2.09%，原因包括器械金屬疲勞、消毒液腐蝕損害、操作方法不當、患牙本身根管過度彎曲等，所以在進行根管預備前要進行X線片的檢查，了解根管的走行，對于彎曲度大的根管要提高警惕，操作前后仔細檢查器械，分離在根管內的器械，可通過上段或者根尖手術的方法取出，分離在根尖部的器械可以作為充填材料的一部分，加強消毒，定期復查； 3、髓腔或根管穿孔：比較容易發生在髓腔的狹窄部分如根管彎曲處，如果穿髓孔較小，充分止血后可進行生物陶瓷材料直接修補，如果穿髓孔較大可考慮行根管外科治療，根管手術包括牙根切除術、牙半切術等； 4、器械落入呼吸道及消化道：這類并發癥極為少見但是也是極為嚴重的，應盡可能避免，現在治療基本上都是在橡皮障下進行，可以杜絕此類事情發生；5、牙折：根管治療后的牙齒抗折性較差，需要行高嵌體或者全冠修復。