腳關節疼痛的原因如下：1、畸形：患者本身有拇外翻畸形或扁平足畸形，由于腳弓或腳趾形態改變出現異常受力，導致局部滑囊炎，引起腳關節疼痛的情況；2、勞損：腳關節是行走或負重的重要關節，長期承重或運動后易出現關節疼痛，主要表現為關節滑膜水腫。疼痛和水腫會隨運動的加重而加重，休息一段時間可緩解，但嚴重勞損可能包括韌帶撕裂或局部的微小骨折；3、退變：腳關節疼痛可能和年齡有關，隨年齡增長出現關節的退變，有骨質疏松和局部骨刺生長，引起慢性炎癥，導致疼痛；4、痛風：易引起腳關節疼痛，表現為局部痛風石沉積，有按壓痛。