垂體瘤手術之后有一定幾率發生后遺癥，但通常幾率較低。垂體瘤本身是由垂體中部分細胞發生瘤變引起，如果正常的垂體受到腫瘤侵襲、壓迫，可以出現垂體功能低下。在手術之后垂體功能更容易發生改變，患者可能會出現內分泌異常，最常見的是皮質醇激素、甲狀腺激素水平低下，以及部分性腺激素水平低下。激素水平低下部分是暫時存在，可以經過一段時間自行恢復；部分可能長期存在。當激素水平低下長期存在時，患者可以表現為乏力、食欲不振、虛弱多汗等，此時患者需要進行相關藥物替代治療。比如可以補充甲狀腺素、皮質醇激素等。而患者在激素替代治療之后，以上癥狀大多可以得到緩解。 另外，垂體瘤手術之后，比較少見的并發癥是尿崩癥、視力方面的障礙以及鼻腔損傷等。而其中鼻腔損傷比較常見是鼻部疼痛、鼻中隔穿孔、鼻腔出血等，此時則可以針對不同癥狀在五官科進行相應對癥治療。