垂體瘤手術一般不會有很多的后遺癥，因為垂體瘤屬于腦部的良性腫瘤，手術的效果很好。垂體瘤手術后遺癥往往與患者手術前的癥狀、手術部位、腫瘤大小有很大關系。很多病人在就診前雙側視力完全喪失、全盲，手術后視力不可能恢復，不應該算手術的后遺癥。手術急性期后遺癥較多，包括腦脊液鼻漏、出血以及下丘腦損傷的癥狀，當手術損傷患者垂體柄時還會產生很多激素低下癥狀。激素功能低下主要包括甲狀腺功能低下、腎上腺功能低下。甲狀腺功能低下主要表現為甲減，腎上腺功能低下主要表現為脫毛、水鹽代謝異常，但后遺癥都可通過激素相關的替代治療得到很好的控制。但是手術發生腦內出血為嚴重的后果，特別是下丘腦周圍的出血，患者預后極差。極少數的惡性垂體瘤，手術后會有復發，且即使手術后增加伽瑪刀治療以及藥物治療效果也很差。