無痛胃腸鏡使用全麻，基本以靜脈不插管的全麻為主，普通胃腸鏡就是局麻。如果是手術，對疼痛感覺需求不高，主要是病人對胃腸鏡感到不適，可使用鎮靜藥，甚至可使用鎮痛藥，但主要以鎮靜藥，如異丙酚或依托咪酯為主，保證病人在手術過程中，有較好的自主呼吸和供氧條件。這段時間內病人基本沒有胃腸部操作不適感，脹痛主要是腸鏡打氣后引起，與胃鏡經過口咽部再進入賁門，進行胃腸部觀察造成的刺激均無感覺，故這些部位操作就需使用鎮靜藥，確保病人舒適度良好。