試管嬰兒與正常嬰兒的區別，主要在于試管嬰兒的受精和早期胚胎發育過程在體外完成。但兩者的出生情況，包括畸形發生率，以及智商、遠期發展，目前沒有區別。正常自然妊娠的受精場所是在輸卵管壺腹部，胚胎早期發育也在子宮內完成。而試管嬰兒是將母親卵子取出后，與父親精子在體外完成受精過程。同時在胚胎發育的前3天，或前5-6天，是在體外培養形成胚胎或囊胚，然后才種植到母親子宮內，這是試管嬰兒與正常嬰兒的最主要區別。但試管嬰兒的預后，總體而言，并沒有明顯增加先天畸形的風險，同時試管嬰兒的后代，無論是從智商還有日后的日常發育過程，也與正常嬰兒沒有明顯區別。有研究發現，雖然試管嬰兒的早產率和流產率，可能要高于自然妊娠，但這主要與試管嬰兒母親普遍高齡，以及試管嬰兒多胎的發生率增高有關。因此建議有指征的患者，可以考慮單胚胎移植，減少多胎風險，以減少流產和早產的風險。