通常認為小兒室間隔缺損，即常見先天性心臟病，是由多基因遺傳缺陷所致，母體因素主要是早孕期感染或母親患有代謝性疾病，而環境因素主要是受到藥物、大劑量射線、高原缺氧等影響，但多數先天性心臟病患者病因尚不明確。 先天性心臟病發病與遺傳、母體和環境等因素有關，遺傳因素中包括Holt-Oram、馬凡氏綜合征等單基因遺傳缺陷所致的疾病，也包括唐氏綜合征等染色體異常所致的疾病，唐氏綜合征即21-三體，表現為先天性愚型。目前認為85%以上先天性心臟病發生，可能是胎兒周圍環境因素與遺傳因素相互作用的結果，因此加強孕婦保健尤其孕早期保健尤為重要。建議孕婦在懷孕3個月內適量補充葉酸，積極預防風疹、流感等疾病，同時避免和有害因素接觸，對預防先天性心臟病具有積極作用。