懷孕初期發現卵巢囊腫的嚴重程度和囊腫性質有關。由于整個孕期體內的孕激素分泌升高，有可能出現黃體生理性囊腫及黃體囊腫，特別是懷孕早期時，卵巢代償可能增大出現黃體囊腫，一般黃體囊腫在孕3個月后可能自行消失，對整個懷孕影響不大。 如果病理性囊腫，必須明確囊腫的性質，對于小于5cm的良性囊腫可以定期復查，繼續妊娠。對于惡性囊腫或較大囊腫，為防止病變進一步發展或囊腫破裂、蒂扭轉，一般才需要手術治療。手術時間在孕3個月后，這時胎盤功能已經開始健全，可以避免流產。隨著微創技術的發展，良性卵巢囊腫可以選擇腹腔鏡下卵巢囊腫剝除術，如果囊腫存在惡變的可能，必要時必須終止妊娠。