卵巢囊腫分為生理性囊腫和病理性囊腫，生理性囊腫如黃素化囊腫，黃體囊腫通常直徑＜5cm的囊腫不影響懷孕，會隨著月經周期變化消退，不影響懷孕。如果是病理性囊腫，包括巧克力囊腫、子宮內膜異位囊腫，這種囊腫影響懷孕。 如果囊腫直徑＞10cm，建議先做手術把囊腫處理之后再懷孕。還有一些很大的囊腫、畸胎瘤或良性單純的囊腫，如果很大，會影響排卵，懷孕期間會容易導致扭轉，因為懷孕期間，如果發生卵巢囊腫扭轉，處理會非常棘手。這種情況下也建議先手術處理，把囊腫處理之后再懷孕。