造血干細胞移植在現階段還是很多疾病唯一的可以治愈的方法。但是造血干細胞移植始終是非常復雜的治療方法，也同樣會面臨很多的風險，包括感染、出血、器官功能的損害，移植后的移植物抗宿主病、排斥等表現，還有出血性膀胱炎等表現，還有復發的問題。移植后無論是良性疾病的患者還是惡性疾病的患者，都可能要面臨復發的問題。還有造血干細胞移植過程中要使用到化療藥物或者放療的治療，對患者的生育能力是有相關的影響，這些手段也可能會引起腫瘤的可能。如果良性疾病的病人，有可能會發生腫瘤，惡性疾病的病人可能會發生二重腫瘤。