肛周膿腫進行引流后是否根治，取決于病人的病情發展。70%左右的病人進行切開引流后會形成肛瘺，如果形成肛瘺，需要進行根治性手術。因為肛瘺會反復潰破流膿，病人的局部癥狀沒有緩解。但是部分病人進行切開引流之后，不會形成肛瘺，已經徹底愈合，則沒必要進行根治性手術。另外，部分病人身體條件不允許進行根治性手術，比如合并嚴重的心肺疾病、血液病，或者妊娠期等其它特殊情況，可以先進行切開引流，緩解癥狀即可。此時病人無需短時間內進行根治性手術，只要癥狀緩解，暫時沒有明顯痛苦，也可以達到一定的治療目的。通常根治性手術只是在內口比較明確，確實形成肛瘺時，才考慮進行。