肛周膿腫往往合并有肛瘺，肛瘺有內口，傳統膿腫切開引流即可痊愈，但是對于肛周膿腫而言，由于有肛門內口，存在產生膿腫的原因，所以必須將內口妥善處理，使內口不再有細菌進入才能徹底治愈。 傳統做法是先把肛周膿腫切開引流，待肛瘺瘺管非常明顯時，給予第二次手術，徹底處理瘺管和內口處理。現在一般采用一次性根治，即對于肛周膿腫、肛瘺、內口一次性處理，處理以后效果非常理想。