新生兒缺氧缺血性腦病，最主要的治療是以保護腦細胞，減少腦損傷為核心的對癥治療。近些年來最重要的進展是亞低溫、亞冬眠治療，這樣的溫度可以減少腦細胞進一步損傷與凋亡。然而上述治療并不屬于特效治療，其他對癥治療也較為重要。控制缺氧缺血性腦病引起的神經系統損害，如驚厥、肌張力緊張等，需要適當進行鎮靜治療。若已經存在呼吸方面的損害，需要進行呼吸支持，糾正水電解質、內環境的紊亂，營養心肌、營養其他臟器的損傷，對心臟、肝臟、胃腸道等臟器的損傷進行進一步的治療與恢復，有助于改善缺氧缺血性腦病引起的腦細胞相應損傷。既往對神經損傷也進行過較多研究，如神經節苷脂、生長肽，又稱為舒泰神等藥物，上述藥物并不能在大規模的臨床試驗與流調中體現療效，也沒有特效藥能夠明確改善缺血缺氧性腦病的神經修復功能。中重度缺血缺氧性腦病，仍然還是存在比較明顯的神經系統后遺癥，如腦癱、智力障礙、學習障礙等。