免疫性肝硬化晚期的癥狀與其他原因導致的肝硬化晚期癥狀類似，因為都是導致嚴重的肝功能不全和肝硬化引起嚴重的并發癥，如門脈高壓、食管-胃底靜脈曲張、嘔血、便血、大量腹水、脾腫大、脾功能亢進、三系血細胞下降、肝性腦病、肝腎綜合征、肝肺綜合征以及功能器官衰竭，如腎功能衰竭、呼吸功能衰竭、肝功能衰竭等。此外，最主要的是免疫性肝硬化會合并免疫性疾病，比如甲狀腺炎、潰瘍性結腸炎等。免疫性肝硬化在早期的癥狀會根據其免疫器官的不同而有所差異，包括自身免疫性肝炎、自身免疫性膽管炎。具體的早期癥狀是以肝細胞損害，還是以膽管細胞損害為主，有所區別，其病理檢查也有差別。免疫性肝炎主要是以肝細胞損害為主，免疫性膽管炎主要是以膽管細胞損害為主。免疫性膽管炎初期以黃疸為主要表現，患者在早期針對自身免疫性肝病要及時進行控制，能有效預防免疫性肝硬化的發生。