卵巢在輸卵管下方兩側各有一個，卵巢囊腫有生理性和病理性之分。生理性囊腫可能是濾泡囊腫或黃體期囊腫，隨女性體內激素水平的調節而不斷變化。在月經干凈后，囊腫會逐漸消失，通常無需手術。 若為病理性囊腫，如卵巢巧克力囊腫指子宮內膜異位卵巢囊腫。因子宮內膜異位到卵巢，會如月經來潮一樣每個月有出血，可導致卵巢囊腫不斷增大。通常情況下臨床以5cm作為邊界，若卵巢囊腫＞5cm，應采取手術治療。 若患者卵巢囊腫的性質是病理性，甚至是惡性腫瘤，要根據疾病分期及早做手術治療。另外，有一些卵巢囊腫可能影響到其它功能，如出現炎性囊腫后，輸卵管和卵巢因有炎性形成包裹，會影響女性懷孕。因卵巢具有排卵功能，輸卵管有拾卵功能，若有炎性組織纖維帶把輸卵管和卵巢包裹住，排卵和拾卵的功能會受到影響，繼而影響懷孕，這種情況通常需手術治療。