皮脂腺囊腫可變成基底細胞癌或鱗癌，癌變前會有變硬的感覺，在查體時可感覺腫物活動度較差，若為良性腫物，邊界較清，活動度較好，按壓時會到處動。如果囊腫活動度變差，無法推動，且有一種麻木的感覺，有時會潰破、滲液，且潰破后不易愈合，需注意是否出現瘤變，可進行超聲檢查囊腫是否由囊性變成實性，且可取病理確定細胞分化是否達到惡性程度，故病理診斷為最終的診斷。 皮脂腺囊腫較小時，可通過通暢皮脂腺導管的方式，如給予酸溶脂或面部清潔等進行治療。但若皮脂腺囊腫較大，如花生米樣大小，通過通暢導管的方法無法解決，需采用局部手術切除，且需將囊膜完整切除，不易復發。如果皮下囊腫發生感染，則不適合進行手術，需先控制感染。如果已形成膿腫，要切開引流，待炎癥完全消退后再考慮手術治療。因炎癥時進行手術往往無法徹底清除，且易復發。如果懷疑皮脂腺囊腫發生惡變，應及早切除，通過病理檢查確診，術后可輔助一定的局部放療，達到根治效果。