目前對于賁門癌的病因學尚不十分清楚，但并未存在明確的證據表明賁門癌具有遺傳性。賁門腫瘤的易患因素包括胃食管的慢性疾病，如反流性食管炎、慢性胃炎或賁門失弛緩癥等，但這些疾病通常是因為日常不良生活方式或不良飲食習慣導致。如部分患者喜食過熱或過燙的食物，造成反復多次的食道黏膜被過熱食物燙傷，而修復過程中出現修復過度，因此誘發食管腫瘤。部分患者在外就餐頻率較多，造成幽門螺桿菌感染，長期反復發作慢性淺表型胃炎或胃部糜爛，而糜爛傷口的修復過程由于反復不間斷出現修復過度，從而引發惡性腫瘤。多數賁門食管惡性腫瘤患者，并不是由遺傳原因造成，而是由家族共同的飲食習慣和不良生活習慣導致。若想減少食管癌、胃癌及賁門癌的發生，注意不良生活習慣和飲食習慣至關重要。