生殖器皰疹尚無徹底治愈的方法，這常給患者帶來很大的精神負擔。治療原則為縮短病程，防止繼發細菌感染和全身播散，減少復發和傳播的機會。治療包括全身治療和局部處理兩方面，單獨局部外用藥物的療效遠遠差于全身治療，應根據患者的具體情況選擇局部處理的方法和全身治療的方案。治療方法分為： 1、系統藥物治療：主要是抗病毒治療和治療合并的感染。初發型可選用阿昔洛韋、伐昔洛韋或泛昔洛韋，療程為7-10天；對于復發型采用間歇療法，最好在出現前驅癥狀或皮損出現的24小時內開始抗病毒治療，療程一般為5天；頻繁復發型指1年反復復發6次以上者。為減少復發次數，可采用持續抑制療法，一般需連續口服抗病毒藥物6-12個月，感染癥狀嚴重或者皮損泛發者可以靜脈注射阿昔洛韋，療程一般為5-7天； 2、局部處理：以抗病毒、收斂、干燥和防止繼發感染為主，應保持患處清潔干燥，可選用3%阿昔洛韋軟膏、1%噴昔洛韋乳膏以及爐甘石洗劑外用，繼發感染時可外用夫西地酸乳膏、莫匹羅星軟膏等。