第三腦室腫瘤的后遺癥主要取決于手術通道對正常結構所產生的牽拉和損傷，以及取決于在做第三腦室腫瘤切除時，對第三腦室側壁、頂壁、底壁結構的損傷和牽拉。最常見的并發癥是短期記憶力障礙，第三腦室的頂壁是胼胝體，到達第三腦室多數情況下要從第三腦室頂壁進，因為從頂壁進它的空間就比較開闊，手術操作視角較好。胼胝體的結構是聯系兩側大腦半球額頂葉的聯絡纖維，把第三腦室頂部的胼胝體離斷以后，兩側的聯絡纖維就會受到一定影響，會產生近期的記憶力障礙。所以在做胼胝體離斷時往往會限制離斷的長度，一般是1.5-2.0cm，減少記憶力障礙的發生。