第三腦室腫瘤鑒別診斷主要根據兩個方面： 1、第一個方面是影像學檢查； 2、第二個方面是病人的臨床癥狀，顱腦是一個密閉的空間，疾病的診斷和胸腔及腹腔疾病是不一樣的。比如胸腔疾病可以通過聽診來進行不同病因的鑒別，對于腹部可以通過觸診來進行疾病的診斷和鑒別診斷。腦部是人體最重要的器官，有堅硬的顱骨保護，所以對于腦腫瘤的診斷和鑒別診斷，主要靠影像學檢查，CT和磁共振檢查。第三腦室腫瘤比如顱咽管瘤、垂體瘤、生殖細胞瘤，在影像學上是不一樣的，垂體瘤是不規則、混雜的信號，像顱咽管瘤多數混雜有鈣化，這是影像學的診斷。臨床表現不同性質的第三腦室腫瘤表現也是不一樣的，如垂體瘤有內分泌障礙，生殖細胞瘤多飲多尿。