正常人基因里面都含有唇腭裂的風險基因，但是多數情況下不會發生唇腭裂。目前的調查研究顯示，父母或者雙方直系親屬三代以內有類似疾病的患者，患兒的遺傳幾率會大大增加。同時唇腭裂的發生也與其他的因素，如營養因素缺乏葉酸，還有輻射，孕婦懷孕尤其前三個月濫用藥物如抗生素、止痛劑等因素都是有關系的。所以從遺傳角度，父母雙方直系親屬有類似顯性癥狀表現的遺傳幾率更大。