小兒根尖周膿腫與乳牙的牙髓組織狀況有關，乳牙牙髓組織比較疏松，血運比較豐富，乳磨牙髓腔的髓室底比較薄，礦化程度也比較差，同時副根管比較多，這些解剖結構特點會在乳牙出現牙髓炎、牙髓部分壞死，或牙髓壞死的炎癥或感染的時候，有可能影響到根尖周組織和根分歧部位的牙周組織，嚴重時根尖和根分歧部位會出現膿腫。牙髓的感染主要是乳牙根尖周病最主要的病源，其次是牙齒受過外傷，如跌倒、碰撞、打擊等對牙齒的損傷，以及在牙髓治療過程中，藥物或充填材料使用不合理等造成的根尖組織的嚴重損傷。在牙髓感染中，牙髓炎癥特別是牙髓壞死以后，細菌及其毒素組織分解產物可通過根尖孔到達根尖周的組織，或通過髓室底的副根管以及根分叉部位引起根尖周組織感染，形成了根尖周膿腫。根管的感染以厭氧菌為主的混合感染為主，感染根管內可以產生多種物質，主要是內毒素和各種侵襲性酶，其具有強的致炎作用，可導致組織崩解和破壞能力，這樣就容易形成根尖周膿腫。