無創DNA產前檢測的最佳檢測孕周是12-22周，一般而言，當孕婦懷孕12周以上的時候，可以利用該方法進行唐氏綜合征的篩查。在孕周低于12周的時候進行檢測，會因為孕婦外周血當中胎兒游離DNA的濃度過低，而達不到檢測的目的和檢測的要求。孕周偏大容易使后續的處理時間上陷入被動，比如在26周無創DNA檢出異常，按照產前診斷的操作規范，必須進行羊水穿刺宮內診斷來驗證。但孕26周以后，羊水當中胎兒皮膚的活細胞數量減少，不宜培養成功，且出報告的時間長，導致產婦焦慮、精神壓力大。隨著孕周增長，引產導致的母親的遠期并發癥增多，比如產后出血、感染、產道損傷等。所以原則上建議孕婦在12-22周進行無創DNA檢測，孕周大于26周的時候就不建議進行無創DNA檢測了。