病原衣原體主要有肺炎衣原體、沙眼衣原體、鸚鵡熱衣原體，前兩者臨床最常見。肺炎衣原體被認為是引起肺炎、支氣管炎及其他呼吸道感染的常見病原菌。沙眼衣原體除可導致沙眼外，還是公認的性疾病傳播的傳染源之一。在非淋菌性尿道炎中，幾乎一半是由沙眼衣原體感染造成的，其可引起尿道綜合征和性病淋巴肉芽腫，男性尿道炎、附睪炎，女性不孕、子宮頸炎、盆腔炎等。新生兒通過產道感染，可引起新生兒眼炎或新生兒肺炎。沙眼衣原體還可以引起成人肺炎，對孕婦危害也較大，可造成宮外孕、流產、死胎、絨毛膜羊膜炎、早產等。鸚鵡熱衣原體可引起鸚鵡熱，是人類吸入受感染的鳥排泄物的塵粒而感染，發病時常有高燒、頭痛、肌肉痛、寒戰和上下呼吸道不適，部分患者可并發腦炎、心肌炎或血栓性靜脈炎。