膽囊炎主要的病因包括兩大類：第一類是由膽囊本身的因素，另一類是非膽囊的因素。 非膽囊因素主要是膽管的因素，比如膽管結石梗阻引起膽囊炎，膽囊本身的因素主要是膽囊結石梗阻。以上兩方面都是因為管道不通暢、梗阻而導致膽囊內的膽汁淤積，引起細菌滋生，從而導致炎癥的發作。 在廣東或者珠三角地區，還有一個特別的病因，即為肝吸蟲病，因為該地區的人群喜歡吃魚生。 此外，寄生蟲感染，比如膽道蛔蟲也是容易引起膽囊炎的一個病因。其它例如免疫系統的疾病，現在比較少見，最主要的是結石和寄生蟲梗阻。