早上起床頭皮神經痛的原因如下：1、頭顱問題：對于有高血壓、心臟病、動脈硬化患者，通常在夜間由于各種原因罹患腦出血，建議及時到神經內科進行會診，進行頭顱核磁共振檢查明確是否有顱內病變；2、頸部肌肉緊張：夜間睡眠時由于頸部肌肉緊張、痙攣，刺激頸神經產生疼痛，通常由于患者平素有頸椎病病史，睡眠時由于小關節病變，導致頸肩部肌肉緊張，刺激頸神經。上位頸神經支配頭部，所以會導致頭皮神經痛的癥狀；3、不良生活習慣：患者有熬夜的不良習慣，作息時間不規律，導致睡眠不足，患者晨起后會有頭皮神經痛的臨床癥狀。