牛奶蛋白過敏不是一個不治之癥，通過及時有效的干預，多數患者可獲得臨床的治愈。輕度過敏者，可以進行嚴格進行食物的回避即可。對于重度過敏者，應該聯合用些抗過敏藥物、免疫制劑進行治療。隨著年齡的增長，多數患兒的過敏癥狀可以逐漸自愈。一般1歲以后，牛奶蛋白過敏就會減少，3歲以后雞蛋過敏就會減少。海鮮類食物過敏的時間，一般要持續到5歲或者更大年齡。當然，也有部分患兒可能終生對牛奶蛋白過敏。一旦確診牛奶蛋白過敏，應嚴格回避過敏食物，盡早換用深度水解配方或者氨基酸配方奶粉進行喂養。