一般情況下，牙周膿腫是根據臨床病史、病人本身臨床表現以及X線片檢查這三個方面相互結合，從而做出診斷。一般牙周膿腫應與牙齦膿腫、牙槽膿腫做好臨床鑒別診斷。一般情況下牙齦膿腫是局部硬物刺激或者結石、菌斑刺激，導致牙齦的局限性炎癥，炎癥局限在游離齦附近，不會波及到牙周支持組織。牙齦膿腫在臨床上治療主要通過局部刺激結石與菌斑，沖洗上藥即可解決問題，不需要其它處理。牙槽膿腫主要腫脹局限在前庭溝附近，不會引起牙周支持組織缺損，沒有附著喪失。牙周膿腫主要是牙周支持組織的局限性炎癥，它會引起牙周支持組織、骨組織的喪失，有附著喪失，有牙槽骨吸收，一般都是牙周炎發展到中晚期所出現的癥狀，通過X線表現可以發現有明顯的牙槽骨吸收。