外科治療方法主要是當患者通過保守抗菌治療無效之后，膿腫已經出現液化而且比較難控制，那么外科就要考慮切開引流。以前傳統的方法就是通過腹部切口，在保護好腹腔周圍器官的情況下把膿腫切開，把膿清干凈然后放管引流。現在微創技術逐步發展的情況下，不需要再通過腹壁切口，只要通過微創腹腔鏡下打孔方式，就可以腹腔鏡下，B超定位方法把膿腫切開引流之后置管，這樣的話一方面可以達到治療作用，另外一個會減少大切口帶來的創傷。如果肝膿腫治療之后，慢慢的縮小愈合了，可能就沒問題。但是如果肝膿腫反復發作，壁比較厚，可能會引起肝臟的局部肝硬化或者肝臟萎縮，這些遷延性的慢性肝臟病變，可能就需要做肝部分切除，一般的肝膿腫是不會引起嚴重的并發癥的。