肝膿腫的首選治療方法是介入治療，介入治療原理為穿刺引流，把肝膿腫內的液性壞死物抽出體內，輔助應用抗生素能較快控制肝膿腫。沒有介入時，通常會選擇開膛破腹，切開膿腫做引流治療。現在可以通過醫學影像設備引導找到膿腫，在膿腫里放引流管把膿液排出體外。甚至還可以通過引流管，局部注射抗生素抽出膿液，做細菌培養，尋找較敏感的抗生素，篩選較好治療方法。通過徹底引流肝膿腫，聯合抗生素，能迅速把肝膿腫控制掉，可以免除外科開刀的痛苦。長時間使用抗生素，患者可能出現抗生素過敏或者出現真菌感染。建議用介入方法快速把膿腫處理掉，肝膿腫穿刺引流的手術費用比外科切除治療低