咽鼓管炎最主要的治療是選擇合適的抗菌素，如果沒有特殊過敏，選擇青霉素類或頭孢類即可。如果是這類過敏，則可以選用阿奇霉素，成人還可選擇可樂必妥。抗菌素的治療最主要的是改善鼻腔通氣，因為咽鼓管炎和鼻炎具有很大的連帶關系。鼻腔可以噴用減充血劑，以改善鼻腔通氣，或者使用鼻用的糖皮質激素，以減輕鼻黏膜的炎癥性水腫，或者使用海鹽水沖洗鼻腔，尤其是鼻腔后端，將鼻咽部分泌物沖洗干凈，有利于咽鼓管炎癥的消退。在鼻腔通氣改善、鼻腔分泌物清理干凈的前提下，可以適當進行咽鼓管吹張的動作，如捏鼻子鼓氣、咽鼓管吹球。另外也可以使用黏液促排劑，比如桉檸蒎，幫助咽鼓管的纖毛運動功能恢復。當咽鼓管存在炎癥時，應盡量避免到壓力變化較大的環境，比如坐飛機、潛水。