百會穴疼痛的原因可以分為以下兩個方面：1、西醫：百會穴疼痛的原因包括緊張性頭痛，由頸椎病造成的頭后部或頭頂疼痛，頭部其他疾病也會出現百會穴疼痛。焦慮、抑郁可能出現頭頂部疼痛，需要進行鑒別診斷，避免盲目治療；2、中醫：百會穴疼痛，即肝經疼痛，也稱厥陰頭痛。治療要疏肝，可以服用藥物或者針灸，針刺肝經太沖穴，太沖穴在足底1-2趾之間的趾縫處，相當于手上合谷穴的位置。對此穴位進行針刺或者按壓，有較好的治療頭頂疼痛的效果。