艾灸百會穴主要的好處如下：1、治療頭痛：百會穴為督脈上的穴位，督脈為陽脈之海，百會位于人體的最高點，所以為陽脈之巔，艾灸百會可治療陽虛頭痛、寒濕頭痛等；2、補充陽氣：艾灸百會可以補充督脈陽氣，陽虛患者可通過艾灸百會補充陽氣；3、提升陽氣：對于胃下垂、子宮脫垂、陰道脫垂以及脫肛等中氣下陷的患者，艾灸百會為較常用且有效的治療方法；4、治療失眠：失眠有多種類型，如陰虛火旺、心腎不交等引起的失眠不適合進行艾灸，而由于陽虛和氣虛引起的失眠可艾灸百會進行治療。艾灸百會可調節人體的植物神經系統，使功能紊亂得到有效改善，從而治療失眠。