瞼板腺囊腫通常難以自愈，臨床上有時會見到較小的囊腫出現逐漸消退的情況。但是總體而言，瞼板腺囊腫達到完全自然消退仍較困難，多數人仍需通過手術解決問題。如果囊腫生長到一定程度，如豌豆大小且存在時間較長，不可自行消退，則需要到眼科進行小手術，將囊腫清理干凈后，能夠促進瞼板腺囊腫的消退，甚至恢復正常。如果囊腫較小且時間較短，通過熱敷或消炎眼藥水，也可以減輕其炎癥反應，促進自然消退和吸收。