胸腺瘤導致重癥肌無力至今起因尚未明確。重癥肌無力是一種影響神經、肌肉接頭傳遞的自身免疫性疾病，其確切發病機理目前還不明確。但是有關該病的研究還是有很多的，其中研究最多是重癥肌無力與胸腺的關系以及乙酰膽堿受體抗體在重癥肌無力中的作用。大量研究發現重癥肌無力患者神經肌肉接頭處，突觸后膜上的乙酰膽堿受體數目要減少，受體部位存在抗乙酰膽堿，且突觸后膜上由IgG和C3復合物的沉積，并且證明血清中抗乙酰膽堿抗體的增高和突觸后膜上沉積所引起的有效乙酰膽堿受體數目減少是本病發生的主要原因，而胸腺是乙酰膽堿抗體產生的主要場所，因此本病的發生一般與胸腺有密切的關系。