通常情況下，女性來月經的時候不能做腸鏡，因為做腸鏡的時候是取側臥位，要暴露整個外陰，然后將腸管、腸鏡順著肛門一直放到腸管里面來進行檢查，如果來月經，陰道在不斷出血，可能會對腸鏡檢查造成影響。另外，腸內不潔的東西也會流出到體外，由于陰道口和肛門的距離非常近，很容易造成生殖道感染，雖然在做腸鏡之前做了充分的洗腸準備，但是難免也會有不潔的東西積聚到陰道口。在月經期的時候，因為子宮內膜脫落，所以子宮內膜的基底層是開放狀態，血管裸露，如果有細菌侵入宮腔，很容易造成感染，會出現子宮內膜炎，甚至盆腔炎。女性來月經的時候，做腸鏡也可能會給消化科的大夫帶來不必要的麻煩，所以在月經期間不要進行腸鏡檢查。