月經期間建議不要做腸鏡，因為在解剖結構上女性陰道和直腸肛門位置非常近，而做腸鏡時會有糞水隨著腸鏡進出而經肛門流出，會經陰道逆行感染到子宮。月經期間子宮內膜脫落，會有很多的血管斷端及創面，此時做腸鏡容易因為逆行感染而導致宮腔感染，甚至會有炎癥入血，造成女性生殖器官的炎癥反應。因此，月經期不推薦做腸鏡，最好等月經期完全結束以后，即子宮內膜完全修復、平整，沒有創面、血管斷端，此時再做腸鏡會相對安全。