兒童錯(牙合)畸形并非全部都是由于遺傳所引起。總體上講，錯合畸形的病因可以分為遺傳性和環境因素兩大類。遺傳因素主要是來源于種族的演化和雙親遺傳兩個方面。在人類的進化過程中，隨著食物的選擇由生變熟和細軟，相對咀嚼功能則逐漸減弱，致使口腔器官亦會逐漸退化。其中(牙合)骨退化速度相對要快于牙齒，導致牙量大于骨量，出現牙齒擁擠等錯(牙合)情況，雙親的牙(牙合)畸形可以遺傳給下代子女。對于環境方面可以分為先天因素和后天因素，比如人工哺乳的奶瓶位置以及喂養姿勢的不正確，兒童食物過于細軟。且包括吐舌、吮指、咬下唇、口呼吸和偏側咀嚼等不良習慣。另外對于替牙期間的乳牙早失、滯留、鄰面齲壞以及多生牙和先天缺失牙等均可以引起錯(牙合)畸形。根據統計，目前國內錯(牙合)畸形的遺傳因素約占錯(牙合)畸形病因的30%，常見的因為遺傳因素所致的錯(牙合)畸形主要包括顏面不對稱、牙列間隙、壓力擁擠、牙齒數目形態及萌出時間的異常，或者下頜前突、上頜前突、下頜后縮和深覆(牙合)等。