錯(牙合)畸形是由多種因素，或者是多種機制共同作用的結果。錯合畸形的病因可以分為遺傳因素和環境因素兩大類，常見的遺傳因素所致的錯(牙合)畸形主要包括顏面部不對稱、牙列間隙、牙列擁擠，牙齒的數目、形態或萌出時間的異常，下頜前突、上頜前突、下頜后縮和深覆(牙合)等。對于錯(牙合)畸形的環境因素，根據所發生的不同時間性，其病因可以分為先天因素和后天因素。先天因素主要包括母體因素、胎兒因素以及常見的發育障礙和缺陷。如多生牙、先天性缺失牙，牙齒大小和形態異常以及舌系帶異常等。后天因素主要包括全身性疾病，乳牙及替牙障礙，功能因素和口腔不良習慣等。其中替牙期的局部障礙主要是指乳牙早失、乳牙滯留、乳牙下沉以及乳尖牙磨耗不足。恒牙早失、恒壓早萌、恒牙萌出、順序混亂和恒壓異位萌出。功能性因素主要包括病人滲血功能異常、咀嚼功能異常、呼吸功能異常、異常吞咽和肌功能異常等。口腔不良習慣主要包括吮指習慣、舌習慣、唇習慣、偏側咀嚼習慣、咬物習慣和睡眠習慣等。無論是遺傳因素或者是環境因素，最終都是通過影響牙列、頜骨、神經肌肉和咀嚼系統等軟組織的發生、生長和發育過程，從而導致錯(牙合)畸形的形成。遺傳因素與各種先天及后天環境因素的相互影響和作用，是所有錯(牙合)畸形發生的根本原因。