飛秒激光手術過程都是使用飛秒操作，半飛秒手術是通過飛秒激光和準分子激光兩種激光結合進行手術操作。飛秒激光屬于板層的角膜手術，不制作角膜瓣，直接通過飛秒激光，在角膜基質層做一個鏡片，然后通過一個小切口把鏡片取出，改變角膜的屈光狀態。半飛秒手術需要制作角膜瓣，通過飛秒激光制作角膜瓣后，再通過準分子激光在瓣下進行磨削，從而形成鏡片，改變角膜的屈光狀態。飛秒激光因為沒有角膜瓣，所以不會發生瓣的復位不良、瓣下混濁、瓣下感染。半飛秒激光手術仍然存在瓣下感染、混濁，以及瓣復位不良的可能，飛秒激光手術一般不適合進行二次手術，半飛秒激光可以進行二次切削。此外，因為飛秒激光不制作角膜瓣，這樣對角膜神經末梢損傷比較少，干眼的發生率比較低，半飛秒激光手術干眼發生率更高。