兒童發育遲緩的治療依據病因。甲狀腺功能低下等代謝性疾病可用藥物治療。如甲低者給予補充甲狀腺素片，甲基丙二酸血癥者補充維生素B12，苯丙酮尿癥的患兒用低苯丙氨酸食物治療。若未查到病因者應排除有無損傷大腦的繼發因素如癲癇，除外這些因素后可應用營養大腦的藥物促進大腦發育。也可做針對性的康復訓練，做測評可看出哪方面問題比較大，如認知能區、適應性能區是智力的核心能區，往往需要重點關注。